La población microbiana del intestino, o microbiota intestinal, es extremadamente densa, compuesta predominantemente por bacterias. Mientras que una comunidad central de microbios intestinales -aproximadamente un tercio- es común a la mayoría de los adultos sanos, la composición de cada microbiota intestinal varía de acuerdo con factores como la genética, la dieta, la edad, el estado de salud y la ubicación geográfica. Los microbios se consideran importantes, pero probablemente no esenciales, para la digestión. Esto se debe principalmente a que la microbiota intestinal descompone sustancias que el intestino por sí solo es incapaz de digerir y también participa en la síntesis de vitaminas.

El intestino grueso lleva a cabo la función de absorción de agua y electrolitos, así como el almacenamiento de los residuos hasta que pueden ser expulsados. también es responsable de mantener el equilibrio de agua y la absorción de algunas vitaminas como la vitamina K. La mezcla de los alimentos restantes y los jugos intestinales llamados quimo en el colon está desprovisto de casi todos los nutrientes y el agua, se compone principalmente de los alimentos sin digerir con una cierta cantidad de agua y electrolitos.