La población microbiana del intestino, o microbiota intestinal, es extremadamente densa, compuesta predominantemente por bacterias. Mientras que una comunidad central de microbios intestinales -aproximadamente un tercio- es común a la mayoría de los adultos sanos, la composición de cada microbiota intestinal varía de acuerdo con factores como la genética, la dieta, la edad, el estado de salud y la ubicación geográfica. Los microbios se consideran importantes, pero probablemente no esenciales, para la digestión. Esto se debe principalmente a que la microbiota intestinal descompone sustancias que el intestino por sí solo es incapaz de digerir y también participa en la síntesis de vitaminas.