La flora intestinal, más correctamente llamada microbiota intestinal, es una "bacteria amistosa" presente en los intestinos. Las principales funciones de la flora intestinal incluyen la digestión y el metabolismo de los nutrientes, el estímulo del crecimiento celular, el control de los microorganismos nocivos y el desarrollo del sistema inmunológico de la mucosa en el intestino, que luego produce anticuerpos para combatir los patógenos. La flora está compuesta por bacterias, levaduras y hongos. El intestino humano contiene alrededor de cien trillones de microorganismos y las bacterias constituyen la mayoría. Hay alrededor de 300 a 1000 especies de bacterias que viven en el intestino humano. La flora intestinal o intestinal también es útil para prevenir las alergias, entrenando al sistema inmunológico para que reaccione sólo ante los patógenos dañinos.