A porção média do intestino delgado é chamada de jejuno. Ele liga o duodeno ao íleo. O comprimento do jejuno é de aproximadamente 2,5m. O pH do jejuno é mantido entre 7 e 9, ou seja, ou neutro ou ligeiramente alcalino. A membrana interna do jejuno é forrada com os dedos como projeções chamadas de vilosidades. A área da superfície da membrana interna do jejuno que está disponível para a absorção de nutrientes e produtos da digestão é aumentada em vários pontos pela presença de vilosidades. As células epiteliais que revestem as vilosidades têm micro-vilosidades. Vários nutrientes são transportados através das células epiteliais do jejuno. A frutose do açúcar move-se através do transporte passivo e os aminoácidos, vitaminas, pequenos peptídeos e glicose movem-se através do transporte activo. A parede do jejuno contém músculos lisos longitudinais e circulares que ajudam a mover o alimento mais adiante no jejuno por um processo referido como peristaltismo.