Durante un bypass gástrico, la parte inferior (distal) más grande del estómago se deja en su lugar debido a que el estómago todavía produce ácido y pepsina para ayudar a la digestión de los alimentos. Estos jugos digestivos viajan por el duodeno hasta el yeyuno para mezclarse con los alimentos. La extirpación de la parte inferior del estómago aumenta la posibilidad de complicaciones sin beneficio comprobado.

En casos raros, si por alguna razón un paciente necesita revertir la operación, el estómago todavía está allí y puede ser conectado de nuevo. Este estómago remanente también se puede utilizar para ayudar a la alimentación en caso de que ocurra un problema médico grave no relacionado.